Также в Новороссийске хорошо развиты такие сферы, как машиностроение (заводы «Молот» и «Красный двигатель»), деревообработка, пищевая и сталелитейные (завод «Новороссметал») промышленности. Функционируют предприятия железнодорожного транспорта («Новороссийский вагоноремонтный завод»), а также зерновой и мазутный терминалы.
Новороссийск – важный транспортный центр страны. Здесь расположен главный порт России на Черном море, который включает в себя пассажирский и грузовой порты и нефтеналивную гавань.
В Новороссийске действуют магазины федеральных, региональных и местных сетей («Лента», «Магнит», «М-Видео», «Перекресток», «Связной», «Эльдорадо», «Спортмастер» и пр.), функционируют торгово-развлекательные центры («Венеция», «Галерея», «Плаза», «Поиск», «Южный пассаж» и пр.) и ряд рынков (Западный, Мефодиевский, Центральный, Южный, Центральный вещевой, Автомобильный и пр.).